Het Huis van Alijn is ondergebracht in het Kinderen Alijns Hospitaal, het enige bewaarde godshuis in Gent.
In de Middeleeuwen werden godshuizen gesticht met een liefdadig doel of als boetedoening. In deze stichtingen werden zieken ter verpleging opgenomen, kregen bejaarde lieden vrije inwoning en soms levensonderhoud, prebende genaamd. Ook werden in de hospitalen arme reizigers gedurende enige dagen onderdak verleend.
De geschiedenis van het Alijns hospice gaat terug tot in de 14de eeuw. Het Kinderen Alijns Hospitaal, ook wel Sint-Katharinahospitaal genaamd, werd opgericht als zoenoffer tussen twee Gentse vooraanstaande patriciërsfamilies, de Rijms en de Alijns. Of hoe een middeleeuwse familievete aan de basis ligt van een rijke en bewogen geschiedenis.
Boven de ingangspoort van het museum wordt verwezen naar de oorsprong van het gebouw: ‘Kindren Halyns Hospital anno 1363’.
Het beeld van de H. Katharina in de nis boven de ingangspoort refereert naar de patrones van Katharina Zelverberchs, de moeder van de twee vermoorde broers Alijn. De drie wapenschilden verwijzen naar drie families die in latere eeuwen een belangrijke rol speelden in het herstellen en uitbreiden van het godshuis.
Het hospitium werd aldus gebouwd op de grond van de familie Alijn. De stichtingsacte van de Graaf van Vlaanderen Lodewijk van Male van 23 juli 1363 bepaalde dat het godshuis een eeuwigdurende hospitaal voor de verzorging van arme mensen zou worden en dat er een kapel zou worden opgericht. Ook dienden werken van christelijke barmhartigheid te worden uitgevoerd. De graaf kende zichzelf de titel van stichter en beschermer van het gesticht toe.
In een eerste bouwfase werden een achttal huisjes en een kapel opgetrokken. Hier kregen acht arme en behoeftige oude vrouwen onderdak. Geld voor de bewoners en voor het onderhoud van de gebouwen werd bekomen door schenkingen van vooraanstaande families. De eerste bewoners kwamen in 1366. De bewoners kregen hulpgeld, prebende of traktement genaamd. Een van de bewoners, ‘de meesteresse’ was belast met de zorgen voor de kapel en de kerkgewaden, het betalen van de prebende en het sluiten van de deuren van het godshuis. Om het samenleven in goede banen te leiden was er ook een reglement. Buitensporigheden zoals overdreven eet- en drankgebruik en onzedig gedrag werden streng gestraft. Bij de minste overtreding werd de prebende ingehouden.
Verval en heropleving wisselen elkaar door de eeuwen heen af.
In 1513 was het complex sterk vervallen en in onbewoonbare toestand geraakt. De nieuwe voogden, Lievin van Pottelsberghe en zijn vrouw Lievine Van Steelant zorgden voor het herstel van de acht huisjes en voor een uitbreiding van het godshuis. In 1519 werden acht huisjes bijgebouwd.
In 1543 legde de zoon François Van Pottelsberghe de eerste steen voor de nieuwe kapel, die in laatgotische stijl is opgetrokken. Het torentje werd opgericht in 1549. De eenbeukige kapel heeft een bovenverdieping. Deze constructie staat in verband met de dubbele functie die de kapel vervulde. De benedenverdieping fungeerde als bidruimte en de bovenverdieping werd als vergaderzaal voor de regenten van het godshuis gebruikt. In 1746 werd de kapel gewijd door de bisschop van Doornik.
Tijdens de Franse overheersing, eind 18de eeuw, kwam het Alijnshospitaal onder het beheer van de Stedelijke Commissie der Burgerlijke godshuizen en werd het ‘Hospice nr.20’.
Eind 19de eeuw waren er in totaal 18 huisjes en woonden er enkel nog alleenstaande vrouwen van boven de zestig in het godshuis.
In 1880 vernielde een brand het dak en het hoektorentje en werd de kapel van een platter dak voorzien. Uiteindelijk werd het gebouw in 1883 door de Commissie verkocht.
Het complex werd in 1883 gekocht door de industrieel Van Loo-Pickaert die het geheel inrichtte als beluik voor arbeidersgezinnen. De kapel verloor haar religieuze functie en werd een schrijnwerkerswinkel en werkplaats. De leefomstandigheden in het beluik waren uiterst marginaal. Er waren in deze periode een zestigtal gezinnen gehuisvest. Tot midden 20ste eeuw bleef het godshuis als beluik functioneren.
In het begin van de 20ste eeuw kreeg het godshuis de aandacht van de architect Valentin Vaerwijck (1882-1959) die een historische en oudheidkundige studie wijdde aan het godshuis.
Op de wereldtentoonstelling van 1913, in de wijk ‘Oud-Vlaanderen’ stelde hij zijn maquette van de restauratie van het ‘Halijnhospitaal’ tentoon.
Pas in 1941 werd het gebouw gekocht door het Gentse Stadsbestuur. De huisjes waren op dat moment omwille van gezondheidsredenen onbewoonbaar verklaard.
Het Kinderen Alijnshospitaal werd in 1943 als beschermd monument geklasseerd. Twee opties boden zich aan: ofwel het geheel restaureren en inrichten als een museum voor volkskunde ofwel enkel de buitengevels restaureren en de woningen inrichten voor bejaarden.
In 1953 viel de beslissing om in het gebouw een museum onder te brengen. De restauratie kwam onder leiding van Valentin Vaerwijck die in 1954 officieel werd aangesteld als ontwerper van de restauratiewerken aan de huisjes en de kapel. In een eerste fase werd de kapel en het kloktorentje gerestaureerd naar de 16de eeuwse toestand. De huisjes zelf werden hersteld door werkloze vaklieden onder toezicht van Rob Van Belle, die Vaerwijck na zijn dood opvolgde. De daken werden vernieuwd en van dakkapellen en dakvensters voorzien, deuren en vensters werden vervangen en kregen een ander uitzicht. In functie van het museum werden de tussenwanden vooraan in de huisjes doorbroken.
Op 9 september 1962 werd het Museum voor Volkskunde officieel geopend. De collectie van het voormalige Folkloremuseum in de Lange Steenstraat kreeg aldus een nieuw onderkomen. In 2000 kreeg het museum een nieuwe naam, waarbij de verwijzing naar de ontstaansgeschiedenis van het gebouw terug aan de orde wordt gesteld: het Huis van Alijn.